关于ISO/TS16949与QS9000主要异同及认证注意事项如下：

ISO/TS16949是基于ISO9001：2000结构为基础并相应作了补充追加要求。

QS9000主要是建立在ISO9000：1994版基础上。

ISO/TS16949可以全面覆盖QS9000，并且QS9000应在2006年12月15日全面昇版ISO/TS16949。

但申请ISO/TS16949需要为汽车行业供应链中的一环，需要有客户对产品的要求及客户对公司表现的反馈，这一点在过去的QS9000中并不强调，但这方面应该是不难解决的。

综上所述，公司可以直接申请ISO/TS16949，且更加容易与现有ISO9001：2000版文件相协调。